היועץ המשפטי של הרבנות הראשית לישראל, הראל גולדברג, יוצא נגד מנכ"ל הרבנות, יהודה כהן, אשר תקף את חבר מועצת הרבנות הראשית ורבה הראשי של צפת, הרב שמואל אליהו, בטענה כי הרב אליהו הפיץ פרוטוקול מזויף של ועדת שחיטת חו"ל.
המנכ"ל, יהודה כהן, פנה לרב הראשי לישראל, קלמן בר, בטענות נגד הרב שמואל אליהו באשר לזיוף הפרוטוקול והפצתו. אלא שלאחר בדיקת היועץ המשפטי של הרבנות, עולה כי הרב שמואל אליהו התנהל בהתאם לדין ומחה על התנהלותו של מנכ"ל הרבנות.
"אישור פרוטוקול נתון בסמכות יו"ר הוועדה לאחר תיאום מול הלשכה המשפטית", כתב גולדברג. "בנסיבות שבהן לא השתתפה בדיון מזכירת הוועדה, לא ראיתי כל מניעה שכת"ר (כבוד תורתו, הכוונה לרב שמואל אליהו, א"ב) כיושב הוועדה הקבוע, יפיץ את הפרוטוקול לאחר אישור כב' הרב הראשי לישראל ונשיא מועצת הרבנות, שהשתתף בישיבה (ומשכך הוא משמש כיו"ר הוועדה באופן ספציפי לדיון זה), ולאחר הטמעת הערות הלשכה המשפטית, ובפרט כשלנגד עיניו של כת"ר הונח אופן התייחסות המנכ"ל לדברים במסגרת הפרוטוקול שרשם עוזרו והדברים שולבו בפרוטוקול".
גולדברג הבהיר: "פרוטוקול דיון, להבדיל מתמלול, אינו צריך לשקף מילה במילה את שנאמר בדיון אלא את רוח הדברים, למעט לעניין נוסח ההחלטות שהתקבלו במסגרתו. נוסח הפרוטוקול שהפיץ כת"ר עולה בקנה אחד עם האמור ועם ההחלטות שהתקבלו, ומשכך אין מניעה משפטית לאשרו והוא בעל תוקף משפטי".
"בשולי הדברים, אציין שהבאתי לתשומת לב לשכת הרב הראשי את הוראות התקנון בדבר האופן שבו יש להיערך לקראת ישיבת ועדה, ובכלל זאת, שליחת סדר יום וחומר נלווה מספיק זמן מראש וכיוצ"ב. הובהר לי כי להבא תהיה הקפדה על כך". בסיום דבריו, גולדברג תקף את התנהלותו של המנכ"ל כלפי הרב שמואל אליהו: "בהזדמנות זו, כשותף לתכתובת הזו, אני מבקש למחות על הפגיעה בכבוד תלמיד חכם כפי שבאה לידי ביטוי בדברים שהפנה המנכ"ל לכת"ר בתכתובת שלמטה".
הפרוטוקולים עוסקים בכשרות הבשר המיובא לארץ, לאחר שאין מינוי קבוע לאחראי על התחום ומנכ"ל הרבנות חותם על התעודות בעצמו. לאחרונה הוגשה לבג"ץ עתירה על ידי ארגון לביא, בה נטען כי הדבר נעשה בניגוד לדין וכי על יהודה כהן להפסיק להשתמש בפרקטיקה פסולה זו.
על פי העתירה, יהודה כהן בולם מינויים קריטיים ברבנות, והוא מכהן בהם בפועל. בדיון מסוים הראשון לציון הרב דוד יוסף טען שיש פרצות בכשרות הבשר הנשחט בחו"ל, והמנכ"ל טען מנגד ש"אין פרצות, יש תקלות".
בישיבה של ועדת שחיטת חו"ל של מועצת הרבנות הראשית בהשתתפות הרב הראשי קלמן בר נאמר כי הרב שמואל אליהו דרש להוציא מפקחים לבתי המטבחיים והרב הראשי התחנן למנות מנהל לאגף שחיטת חו"ל. הרב הראשי קלמן בר אמר: ״אני מתחנן למנות את הרב בוחבוט למ"מ מנהל המחלקה היום״, מנכ"ל הרבנות יהודה כהן השיב לרב בר: ״לא יקום ולא יהיה״.
