בהמשך לפרסום במעריב אודות מקורבים לבר רפאלי אשר טענו כי עניינה יסתיים בהסדר וכן מדובר בפרשה שנופחה מעבר לכל פרופורציה, אמר אביה רפי רפאלי, בשיחת טלפון שקיים עם ערוץ 2, כי במשפחתו העניינים בסדר ואין שום בעיה. רפאלי, טען שהחשדות נגד רפאלי ואימה ציפי אינן נכונות וכי כל ההטבות, הנחות הסלב והמתנות שקיבלה מגובות בחשבוניות כדבריו. לטענתו "הם רצו קצת להנות מפרסום על גב הסלבריטאיות שלה אז הם קיבלו את הפרסום, אבל בסך הכל הם נחמדים. חבל רק שאחרי כל שאלה או שתיים הייתה הפסקה של שעתיים".
נציין כי באותה חקירה נגבו עדויות משורה של גורמים ובעלי עניין הנחשבים כמי שעומדים מאחורי הענקת המתנות, ההטבות וההנחות ובכללם, מנהלת המכירות בפרויקט YOO, בעלי חברת יבואני הרכב, מעצב העל חיים קרנג'י, רואה החשבון של רפאלי ובעלי חברות מדיה ופרסום שקשורים לעסקיה של הדוגמנית הבכירה. עוד נודע כי בני משפחה נוספים במשפחת רפאלי נחקרו גם במשרדי רשות המיסים אולם בסופו של דבר החליטו החוקרים להתמקד בחקירת הדוגמנית ואימה והן אלו שעניינם כאמור הובא בפני שופט בסופו של דבר.
בבקשה למעצר שהוגשה לבית המשפט על ידי פקיד שומה חקירות תל אביב ברשות המסים הובהר כי לשאלת התושבות של רפאלי יש השלכות לנושא מיסוי ההכנסות שלה. כאשר מדובר על הכנסות בסכומים מצטברים של עשרות מיליוני שקלים אשר לא דווחו לרשות המסים בישראל ומקורן בהכנסות עבודה של החשודה מחוץ לישראל.
שאלת התושבות של רפאלי עלתה בדיוני השומה שלה בשנת 2009 בפקיד שומה כפר סבא לגבי שנות המס 2005-2007 ובשנת 2015 עלתה שוב הסוגיה בהתייחס לשנות המס 2009-2012. במסגרת חקירה סמויה שהתנהלה במחלקת המודיעין של פקיד שומה חקירות תל אביב, נאספו ראיות המעידות לכאורה כי החשודות בצוותא הונו את פקיד השומה ומסרו לו אמירות כוזבות במטרה להסוות את מרכז החיים של החשודה וכן כי בר רפאלי לא דיווחה על הכנסותיה המלאות לפקיד השומה.
כך נמצא למשל כי החשודה התגוררה במגדלי YOO בתל אביב בדירה שכורה, אלא שחוזה שכר הדירה נחתם מול אחיה של החשודה על מנת שלא לקשור אותה לישראל. כמו כן לאחר שהסתיים חוזה השכירות במגדלי YOO עברה בר רפאלי להתגורר במגדלי W למשך 3 שנים, כאשר חוזה זה נחתם מול אימהּ, חרף העובדה שמי שהתגוררה בבניין הייתה בר רפאלי. חרף העובדה שלאורך השנים 2009-2012 עלה כי היו לרפאלי דירות לשימושה בישראל, כאשר היא נשאלה על כך על ידי פקיד השומה השיב בשמה המייצג שלה, כי "כבר נמסר בעבר, כי בר לא שכרה דירת מגורים בישראל בשנים הרלוונטיות".
בחקירתה של עובדת בכירה בחברה שמכרה את פרויקט YOO אמרה אותה עובדת כי הדירה הושכרה לבר רפאלי בלבד, הייתה התחייבות של המשפחה כי יהיה פרסום ו"הדלפות" למדורי רכילות, כמו כן החברה שילמה למשכיר כמעט 200,000 שקלים, נוסף על שכר הדירה על מנת לאפשר את מגוריה הואיל והחברה רצתה למתג את הבניין. בנוסף לכך מנהל ההחזקה של הבניין העיד ומסר כי מי שהתגוררה בבניין הייתה רפאלי בעצמה. בחקירתה אישרה רפאלי כי היא זו שהתגוררה בדירה. רואה החשבון של רפאלי נשאל אודות ההטבה הזו והשיב כי לא ידע מעולם שמישהו שילם עבורה את שכר הדירה ואילו היה יודע היה עליו לשקול ולבחון האם אין מקום לחייב אותה בהכנסה.