שרת התחבורה החדשה תיאלץ להתמודד עם שורת אתגרים מורכבים, הדורשים השקעות כספיות כבדות וארגון מחדש בתקופה של מצוקה כלכלית קשה.
עוד לפני פרוץ משבר הקורונה עמד מערך התחבורה באזורים נרחבים בישראל על סף קריסה, כשעומסי התנועה הכבדים בשעות הלחץ של הבוקר ואחה"צ הפכו את הנסיעות בצירי תנועה הראשיים לסיוט יומי. השרה החדשה תגלה כי מערך האוטובוסים המסורבל, בעיקר בתל אביב ובגוש דן, לא מסוגל להוות במצבו חלופה לכלי רכב פרטיים. גם מערך הרכבות עדיין לא נותן מענה, ורק לאחר הנחת המסילה הרביעית בערוץ האיילון – פרויקט מורכב שצפוי להימשך עוד שנים - ניתן יהיה לתגבר את קווי הרכבות ותדירותם.
עם זאת, התחבורה הציבורית תוכל לקבל רוח גבית גם בהאצת הפרויקטים של הרכבת הקלה. "הקו האדום" לא ייפתח במועד המקורי שתוכנן, אוקטובר 2021, וההערכות הן שהוא יידחה בחודשים ארוכים. "הקו הירוק" ו"הקו הסגול" אמורים להשלים בתוך כשש שנים את השלב הראשון של מערך הסעת ההמונים בגוש דן, אך על משרד התחבורה יהיה לפעול להשגת משאבים להאצת העבודות.
לנוכח המשבר הכלכלי, על משרד התחבורה יהיה למצוא דרכים יצירתיות שאינן דורשות השקעות כספיות כבדות, כמו האצת עבודות הקמת נתיבי נסיעה לתחבורה ציבורית ולרכב שבו לפחות שלושה נוסעים וכן רפורמה בענף המוניות, שתפצה את הנהגים על אובדן הכנסות. המשרד גם ייאלץ להתמודד עם המשבר החמור בענף התעופה הישראלי והבינלאומי, ולפעול להאצת הפרויקטים של הקמת נמלי הים הנוספים בחיפה ובאשדוד, כדי להגביר את התחרותיות.